Taxonomie (biologie)
In de biologie is taxonomie (van het oude Griekse τάξις ( taxi's ) 'arrangement' en -νομία ( -nomia ) ' methode ') de wetenschappelijke studie van het benoemen, definiëren ( omschrijven ) en classificeren van groepen biologische organismen op basis van gedeelde kenmerken. Organismen zijn gegroepeerd in taxa (enkelvoud: taxon) en deze groepen krijgen een taxonomische rangorde ; groepen van een bepaalde rang kunnen worden samengevoegd om een meer inclusieve groep met een hogere rang te vormen, waardoor een taxonomische hiërarchie ontstaat. De belangrijkste rangen in modern gebruik zijn domein , koninkrijk , phylum (indeling wordt soms gebruikt in de plantkunde in plaats van phylum), klasse , orde , familie , geslacht en soort . De Zweedse botanicus Carl Linnaeus wordt beschouwd als de grondlegger van het huidige taxonomiesysteem, aangezien hij een gerangschikt systeem ontwikkelde dat bekend staat als Linnaean taxonomy voor het categoriseren van organismen en binominale nomenclatuur voor het benoemen van organismen.
Met vorderingen in de theorie, gegevens en analytische technologie van biologische systematiek, is het Linnaeïsche systeem getransformeerd in een systeem van moderne biologische classificatie bedoeld om de evolutionaire relaties tussen levende en uitgestorven organismen te weerspiegelen .
Definitie
De exacte definitie van taxonomie varieert van bron tot bron, maar de kern van de discipline blijft: het ontwerpen, benoemen en classificeren van groepen organismen. [1] Als referentiepunten worden hieronder recente definities van taxonomie gepresenteerd:
- Theorie en praktijk van het groeperen van individuen in soorten, het rangschikken van soorten in grotere groepen en het geven van namen aan die groepen, waardoor een classificatie ontstaat. [2]
- Een wetenschapsgebied (en een belangrijk onderdeel van systematiek ) dat beschrijving, identificatie, nomenclatuur en classificatie omvat [3]
- De wetenschap van classificatie, in de biologie de rangschikking van organismen in een classificatie [4]
- "De wetenschap van classificatie zoals toegepast op levende organismen, inclusief studie van manieren om soorten te vormen, enz." [5]
- "De analyse van de kenmerken van een organisme met het oog op classificatie" [6]
- " Systematiek bestudeert fylogenie om een patroon te geven dat kan worden vertaald in de classificatie en namen van het meer inclusieve taxonomische veld" (vermeld als een wenselijke maar ongebruikelijke definitie) [7]
De verschillende definities plaatsen taxonomie ofwel als een deelgebied van systematiek (definitie 2), keren die relatie om (definitie 6), of lijken de twee termen als synoniemen te beschouwen. Er is enige onenigheid over de vraag of biologische nomenclatuur wordt beschouwd als een onderdeel van taxonomie (definities 1 en 2), of als een onderdeel van systematiek buiten de taxonomie. [8] Definitie 6 gaat bijvoorbeeld gepaard met de volgende definitie van systematiek die de nomenclatuur buiten de taxonomie plaatst: [6]
- Systematiek : "De studie van de identificatie, taxonomie en nomenclatuur van organismen, inclusief de classificatie van levende wezens met betrekking tot hun natuurlijke relaties en de studie van variatie en de evolutie van taxa".
Een hele reeks termen, waaronder taxonomie, systematische biologie , systematiek, biosystematiek , wetenschappelijke classificatie, biologische classificatie en fylogenetica, hebben soms overlappende betekenissen gehad - soms hetzelfde, soms iets anders, maar altijd gerelateerd en kruisend. [1] [9] De breedste betekenis van "taxonomie" wordt hier gebruikt. De term zelf werd in 1813 geïntroduceerd door de Candolle in zijn Théorie élémentaire de la botanique . [10]
Monografie en taxonomische herziening
Een taxonomische revisie of taxonomische review is een nieuwe analyse van de variatiepatronen in een bepaald taxon . Deze analyse kan worden uitgevoerd op basis van elke combinatie van de verschillende beschikbare soorten karakters, zoals morfologisch, anatomisch, palynologisch, biochemisch en genetisch. Een monografie of volledige herziening is een herziening die alomvattend is voor een taxon voor de informatie die op een bepaald moment wordt gegeven, en voor de hele wereld. Andere (gedeeltelijke) herzieningen kunnen aan beperkingen onderhevig zijn in die zin dat ze mogelijk slechts enkele van de beschikbare karakterset gebruiken of een beperkte ruimtelijke reikwijdte hebben. Een herziening resulteert in een bevestiging van of nieuwe inzichten in de relaties tussen de subtaxa binnen het taxon dat wordt bestudeerd, wat kan resulteren in een verandering in de classificatie van deze subtaxa, de identificatie van nieuwe subtaxa of de samenvoeging van eerdere subtaxa. [11]
Alfa- en bètataxonomie
De term " alfataxonomie " wordt tegenwoordig voornamelijk gebruikt om te verwijzen naar de discipline van het vinden, beschrijven en benoemen van taxa , in het bijzonder soorten. [12] In eerdere literatuur had de term een andere betekenis, verwijzend naar morfologische taxonomie en de producten van onderzoek tot het einde van de 19e eeuw. [13]
William Bertram Turrill introduceerde de term " alfataxonomie " in een reeks artikelen die in 1935 en 1937 werden gepubliceerd, waarin hij de filosofie en mogelijke toekomstige richtingen van de discipline taxonomie besprak. [14]
... er is een toenemend verlangen onder taxonomen om hun problemen vanuit een breder perspectief te bekijken, om de mogelijkheden van nauwere samenwerking met hun cytologische, ecologische en genetica collega's te onderzoeken en te erkennen dat enige herziening of uitbreiding, misschien van drastische aard, van hun doelen en methoden, kan wenselijk zijn ... Turrill (1935) heeft gesuggereerd dat, hoewel hij de oudere taxonomie van onschatbare waarde accepteert, gebaseerd op structuur en gemakkelijk aangeduid als 'alpha', het mogelijk is om een glimp op te vangen van een verre taxonomie die is gebaseerd op een zo breed mogelijke basis van morfologische en fysiologische feiten, en een waarin "plaats wordt gevonden voor alle observationele en experimentele gegevens die, ook al zijn ze indirect, betrekking hebben op de constitutie, onderverdeling, oorsprong en gedrag van soorten en andere taxonomische groepen". Idealen kunnen, zo mag worden gezegd, nooit volledig worden gerealiseerd. Ze hebben echter een grote waarde als permanente stimulerende middelen, en als we een of ander, zelfs vaag, ideaal van een "omega" -taxonomie hebben, kunnen we een stukje lager in het Griekse alfabet komen. Sommigen van ons behagen onszelf door te denken dat we nu tasten in een "bèta" -taxonomie. [14]
Turrill sluit dus expliciet uit de alfataxonomie verschillende studiegebieden uit die hij binnen de taxonomie als geheel opneemt, zoals ecologie, fysiologie, genetica en cytologie. Verder sluit hij fylogenetische reconstructie uit van alfataxonomie (pp. 365-366).
Latere auteurs hebben de term in een andere betekenis gebruikt, om de afbakening van soorten aan te duiden (geen ondersoorten of taxa van andere rangen), gebruikmakend van alle beschikbare onderzoekstechnieken, inclusief geavanceerde computer- of laboratoriumtechnieken. [15] [12] Zo definieerde Ernst Mayr in 1968 " beta-taxonomie " als de classificatie van rangen hoger dan de soort. [16]
Een begrip van de biologische betekenis van variatie en van de evolutionaire oorsprong van groepen verwante soorten is zelfs nog belangrijker voor de tweede fase van taxonomische activiteit, het sorteren van soorten in groepen verwanten ('taxa') en hun rangschikking in een hiërarchie van hogere categorieën. Deze activiteit is wat de term classificatie aangeeft; het wordt ook wel "beta-taxonomie" genoemd.
Microtaxonomie en macrotaxonomie
Hoe soorten in een bepaalde groep organismen moeten worden gedefinieerd geeft aanleiding tot praktische en theoretische problemen die worden aangeduid als het soort probleem . Het wetenschappelijke werk om te beslissen hoe soorten moeten worden gedefinieerd, wordt microtaxonomie genoemd. [17] [18] [12] In het verlengde daarvan is macrotaxonomie de studie van groepen op de hogere taxonomische onderklasse en hoger. [12]
Geschiedenis
Hoewel sommige beschrijvingen van taxonomische geschiedenis proberen taxonomie te dateren naar oude beschavingen, vond een echt wetenschappelijke poging om organismen te classificeren pas in de 18e eeuw plaats. Eerdere werken waren voornamelijk beschrijvend en gericht op planten die nuttig waren in de landbouw of de geneeskunde. Er zijn een aantal fasen in dit wetenschappelijk denken. Vroege taxonomie was gebaseerd op willekeurige criteria, de zogenaamde "kunstmatige systemen", waaronder Linnaeus 'systeem van seksuele classificatie voor planten (natuurlijk had Linnaeus' classificatie van dieren de titel 'Systema Naturae' ('het systeem van de natuur'), wat impliceert dat hij geloofde tenminste dat het meer was dan een "kunstmatig systeem"). Later kwamen systemen die gebaseerd waren op een meer volledige beschouwing van de kenmerken van taxa, waarnaar wordt verwezen als "natuurlijke systemen", zoals die van de Jussieu (1789), de Candolle (1813) en Bentham en Hooker (1862-1863). Deze classificaties beschreven empirische patronen en waren pre- evolutionair in het denken. De publicatie van Charles Darwin 's On the Origin of Species (1859) leidde tot een nieuwe verklaring voor classificaties, gebaseerd op evolutionaire relaties. Dit was het concept van phyletische systemen, vanaf 1883. Deze benadering werd gekenmerkt door die van Eichler (1883) en Engler (1886-1892). De komst van cladistische methodologie in de jaren zeventig leidde tot classificaties op basis van het enige criterium van monofyly , ondersteund door de aanwezigheid van synapomorfieën . Sindsdien is de bewijsbasis uitgebreid met gegevens uit de moleculaire genetica die grotendeels een aanvulling vormen op de traditionele morfologie . [19] [ pagina nodig ] [20] [ pagina nodig ] [21] [ pagina nodig ]
Pre-Linnaean
Vroege taxonomen
Het benoemen en classificeren van onze omgeving vindt waarschijnlijk al plaats zolang de mensheid heeft kunnen communiceren. Het zou altijd belangrijk zijn geweest om de namen van giftige en eetbare planten en dieren te kennen om deze informatie door te geven aan andere leden van de familie of groep. Medicinale plantillustraties verschijnen in Egyptische muurschilderingen uit ca. 1500 voor Christus, wat aangeeft dat het gebruik van verschillende soorten werd begrepen en dat er een basistaxonomie bestond. [22]
Oude tijden

Organismen werden voor het eerst geclassificeerd door Aristoteles ( Griekenland , 384-322 v.Chr.) Tijdens zijn verblijf op het eiland Lesbos . [23] [24] [25] Hij classificeerde wezens naar hun delen, of in moderne termen attributen , zoals levend geboren worden, vier poten hebben, eieren leggen, bloed hebben of een warm lichaam hebben. [26] Hij verdeelde alle levende wezens in twee groepen: planten en dieren. [24] Sommige van zijn groepen dieren, zoals Anhaima (dieren zonder bloed, vertaald als ongewervelde dieren ) en Enhaima (dieren met bloed, ruwweg de gewervelde dieren ), evenals groepen zoals de haaien en walvisachtigen , worden nog steeds veel gebruikt. [27] Zijn leerling Theophrastus (Griekenland, 370–285 v.Chr.) Zette deze traditie voort en noemde zo'n 500 planten en hun gebruik in zijn Historia Plantarum . Nogmaals, verschillende plantengroepen die momenteel nog worden herkend, zijn terug te voeren op Theophrastus, zoals Cornus , Crocus en Narcissus . [24]
Middeleeuws
Taxonomie in de middeleeuwen was grotendeels gebaseerd op de Aristotelische systeem , [26] met aanvullingen betreffende de filosofische en existentiële orde wezens. Dit omvatte concepten zoals de Grote Bestaansketen in de Westerse scholastieke traditie [26] , die uiteindelijk weer van Aristoteles afkomstig is. Het aristotelische systeem classificeerde planten of schimmels niet, vanwege het ontbreken van een microscoop op dat moment [25], aangezien zijn ideeën waren gebaseerd op het ordenen van de hele wereld in een enkel continuüm, volgens de scala naturae (de natuurlijke ladder). [24] Ook hiermee werd rekening gehouden in de Grote Bestaansketen. [24] Er werden vorderingen gemaakt door geleerden als Procopius , Timotheos van Gaza , Demetrios Pepagomenos en Thomas van Aquino . Middeleeuwse denkers gebruikten abstracte filosofische en logische categorisaties die meer geschikt waren voor abstracte filosofie dan voor pragmatische taxonomie. [24]
Renaissance en vroegmodern
Tijdens de Renaissance , het Tijdperk van de Rede en de Verlichting kwamen het categoriseren van organismen steeds vaker voor [24] en werden taxonomische werken ambitieus genoeg om de oude teksten te vervangen. Dit wordt soms toegeschreven aan de ontwikkeling van geavanceerde optische lenzen, waardoor de morfologie van organismen veel gedetailleerder kon worden bestudeerd. Een van de eerste auteurs die profiteerde van deze technologische sprong voorwaarts, was de Italiaanse arts Andrea Cesalpino (1519–1603), die wel "de eerste taxonoom" werd genoemd. [28] Zijn magnum opus De Plantis kwam uit in 1583 en beschreef meer dan 1500 plantensoorten. [29] [30] Twee grote plantenfamilies die hij voor het eerst herkende, zijn nog steeds in gebruik: de Asteraceae en Brassicaceae . [31] In de 17e eeuw schreef John Ray ( Engeland , 1627–1705) veel belangrijke taxonomische werken. [25] Zijn grootste prestatie was ongetwijfeld Methodus Plantarum Nova (1682), [32] waarin hij details publiceerde van meer dan 18.000 plantensoorten. In die tijd waren zijn classificaties misschien wel de meest complexe tot nu toe door een taxonoom geproduceerd, aangezien hij zijn taxa baseerde op veel gecombineerde karakters. De volgende grote taxonomische werken werden geproduceerd door Joseph Pitton de Tournefort (Frankrijk, 1656–1708). [33] Zijn werk uit 1700, Institutiones Rei Herbariae , omvatte meer dan 9000 soorten in 698 geslachten, die Linnaeus rechtstreeks beïnvloedden, aangezien het de tekst was die hij als jonge student gebruikte. [22]
Het Linneaanse tijdperk

De Zweedse botanicus Carl Linnaeus (1707-1778) [26] luidde een nieuw tijdperk van taxonomie in. Met zijn grote werken Systema Naturae 1e editie in 1735, [34] Species Plantarum in 1753, [35] en Systema Naturae 10e editie , [36] hij een revolutie in de moderne taxonomie. Zijn werken implementeerden een gestandaardiseerd binominaal naamgevingssysteem voor dier- en plantensoorten [37], wat een elegante oplossing bleek te zijn voor een chaotische en ongeorganiseerde taxonomische literatuur. Hij introduceerde niet alleen de standaard van klasse, orde, geslacht en soort, maar maakte het ook mogelijk om planten en dieren uit zijn boek te identificeren door de kleinere delen van de bloem te gebruiken. [37] Zo werd het Linneaanse systeem geboren, en het wordt nog steeds in wezen op dezelfde manier gebruikt als in de 18e eeuw. [37] Momenteel beschouwen taxonomen van planten en dieren het werk van Linnaeus als het "startpunt" voor geldige namen (respectievelijk in 1753 en 1758). [38] Namen die vóór deze data zijn gepubliceerd, worden "pre-Linnaean" genoemd en worden niet als geldig beschouwd (met uitzondering van spinnen die zijn gepubliceerd in Svenska Spindlar [39] ). Zelfs taxonomische namen die vóór deze data door Linnaeus zelf zijn gepubliceerd, worden als pre-Linneaans beschouwd. [22]
Modern classificatiesysteem


Een patroon van groepen genest binnen groepen was blijkens classificaties van planten en dieren Linnaeus, en deze patronen begon te worden voorgesteld als dendrogrammen van de dieren en planten rijken tegen het einde van de 18de eeuw en is vóór De oorsprong der soorten gepubliceerd . [25] Het patroon van het "Natuurlijke Systeem" bracht geen voortbrengingsproces met zich mee, zoals evolutie, maar kan het hebben geïmpliceerd, wat vroege transmutationistische denkers inspireerde. Onder de vroege werken het verkennen van het idee van een transmutatie van soorten werden Erasmus Darwin 's 1796 Zoönomia en Jean-Baptiste Lamarck ' s Philosophie Zoologique van 1809. [12] Het idee werd populair in de Engelstalige wereld door de speculatieve maar veel gelezen Sporen van de Natural History of Creation , anoniem gepubliceerd door Robert Chambers in 1844. [40]
Met de theorie van Darwin bleek al snel een algemene aanvaarding dat een classificatie het darwinistische principe van gemeenschappelijke afstamming moest weerspiegelen . [41] Voorstellingen van de levensboom werden populair in wetenschappelijke werken, met bekende fossiele groepen erin verwerkt. Een van de eerste moderne groepen die met fossiele voorouders waren verbonden, waren vogels . [42] Gebruikmakend van de toen nieuw ontdekte fossielen van Archaeopteryx en Hesperornis , verklaarde Thomas Henry Huxley dat ze waren geëvolueerd uit dinosauriërs, een groep die formeel door Richard Owen werd genoemd in 1842. [43] [44] De resulterende beschrijving, die van dinosauriërs "geeft opkomst tot "of zijn" de voorouders van "vogels, is het essentiële kenmerk van evolutionair taxonomisch denken. Toen aan het einde van de 19e en het begin van de 20e eeuw steeds meer fossiele groepen werden gevonden en herkend, probeerden paleontologen de geschiedenis van dieren door de eeuwen heen te begrijpen door bekende groepen met elkaar te verbinden. [45] Met de moderne evolutionaire synthese van het begin van de jaren veertig was er een in wezen modern begrip van de evolutie van de belangrijkste groepen. Aangezien evolutionaire taxonomie is gebaseerd op Linnaean taxonomische rangen, zijn de twee termen grotendeels uitwisselbaar in modern gebruik. [46]
De cladistische methode is ontstaan sinds de jaren zestig. [41] In 1958 gebruikte Julian Huxley de term clade. [12] Later, in 1960, introduceerden Cain en Harrison de term cladistisch. [12] Het meest opvallende kenmerk is het rangschikken van taxa in een hiërarchische evolutionaire boom , met als desideratum dat alle taxa met de naam monofyletisch zijn. [41] Een taxon wordt monofyletisch genoemd als het alle nakomelingen van een voorouderlijke vorm omvat. [47] [48] Groepen waarvan de afstammingsgroepen verwijderd zijn, worden parafyletisch genoemd , [47] terwijl groepen die meer dan één tak van de boom des levens vertegenwoordigen, polyfyletisch worden genoemd . [47] [48] Monofyletische groepen worden herkend en gediagnosticeerd op basis van synapomorfieën , gedeelde afgeleide karaktertoestanden. [49]
Cladistische classificaties zijn compatibel met de traditionele Linnean-taxonomie en de codes van de zoölogische en botanische nomenclatuur. [50] Een alternatief systeem van nomenclatuur, de International Code of Phylogenetic Nomenclature of PhyloCode , is voorgesteld, waarvan de bedoeling is om de formele naamgeving van clades te reguleren . [51] [52] Linnaean rangen zullen optioneel zijn onder de PhyloCode , die bedoeld is om naast de huidige, op rang gebaseerde codes te bestaan. [52] Het valt nog te bezien of de systematische gemeenschap de PhyloCode zal overnemen of verwerpen ten gunste van de huidige nomenclatuursystemen die al meer dan 250 jaar worden gebruikt (en indien nodig aangepast).
Koninkrijken en domeinen

Ruim voor Linnaeus werden planten en dieren als afzonderlijke koninkrijken beschouwd. [53] Linnaeus gebruikte dit als de hoogste rang en verdeelde de fysieke wereld in de planten-, dieren- en mineralenrijken. Omdat de vooruitgang in de microscopie de classificatie van micro-organismen mogelijk maakte, nam het aantal koninkrijken toe, waarbij systemen met vijf en zes koninkrijken de meest voorkomende waren.
Domeinen zijn een relatief nieuwe groepering. Het systeem met drie domeinen van Carl Woese werd voor het eerst voorgesteld in 1977 en werd pas later algemeen aanvaard. [54] Een belangrijk kenmerk van de methode met drie domeinen is de scheiding van Archaea en Bacteria , voorheen gegroepeerd in het enige koninkrijk Bacteria (een koninkrijk dat ook wel Monera wordt genoemd ), [53] met de Eukaryota voor alle organismen waarvan de cellen een kern bevatten. . [55] Een klein aantal wetenschappers omvat een zesde koninkrijk, Archaea, maar accepteert de domeinmethode niet. [53]
Thomas Cavalier-Smith , die veel gepubliceerd over de indeling van protisten , onlangs [ wanneer? ] stelde voor dat de Neomura , de clade die de Archaea en Eucarya groepeert , zou zijn geëvolueerd uit Bacteria, meer bepaald uit Actinobacteria . Zijn classificatie uit 2004 behandelde de archeobacteriën als onderdeel van een subkoninkrijk van het koninkrijk Bacteriën, dwz hij verwierp het systeem met drie domeinen volledig. [56] Stefan Luketa stelde in 2012 een vijf "dominion" -systeem voor, door Prionobiota (acellulair en zonder nucleïnezuur) en Virusobiota (acellulair maar met nucleïnezuur) toe te voegen aan de traditionele drie domeinen. [57]
Linnaeus 1735 [58] | Haeckel 1866 [59] | Chatton 1925 [60] | Copeland 1938 [61] | Whittaker 1969 [62] | Woese et al. 1990 [63] | Cavalier-Smith 1998 [56] | Cavalier-Smith 2015 [64] |
---|---|---|---|---|---|---|---|
2 koninkrijken | 3 koninkrijken | 2 rijken | 4 koninkrijken | 5 koninkrijken | 3 domeinen | 2 rijken, 6 koninkrijken | 2 rijken, 7 koninkrijken |
(niet behandeld) | Protista | Prokaryota | Monera | Monera | Bacteriën | Bacteriën | Bacteriën |
Archaea | Archaea | ||||||
Eukaryota | Protoctista | Protista | Eucarya | Protozoa | Protozoa | ||
Chromista | Chromista | ||||||
Vegetabilia | Plantae | Plantae | Plantae | Plantae | Plantae | ||
Schimmels | Schimmels | Schimmels | |||||
Animalia | Animalia | Animalia | Animalia | Animalia | Animalia |
Recente uitgebreide classificaties
Gedeeltelijke classificaties bestaan voor veel individuele groepen organismen en worden herzien en vervangen zodra nieuwe informatie beschikbaar komt; uitgebreide, gepubliceerde behandelingen van bijna of al het leven zijn echter zeldzamer; recente voorbeelden zijn die van Adl et al., 2012 en 2019, [65] [66], die alleen eukaryoten behandelt met de nadruk op protisten, en Ruggiero et al., 2015, [67] die zowel eukaryoten als prokaryoten met de rang van Orde, hoewel beide fossiele vertegenwoordigers uitsluiten. [67] Een aparte compilatie (Ruggiero, 2014) [68] omvat bestaande taxa tot de rang van familie. Andere, databasegestuurde behandelingen zijn de Encyclopedia of Life , de Global Biodiversity Information Facility , de NCBI-taxonomiedatabase , het Interim Register of Marine and Nonmarine Genera , de Open Tree of Life en de Catalog of Life . De Paleobiology Database is een bron voor fossielen.
Toepassing
Biologische taxonomie is een subdiscipline van de biologie en wordt over het algemeen beoefend door biologen die bekend staan als "taxonomen", hoewel enthousiaste natuuronderzoekers ook vaak betrokken zijn bij de publicatie van nieuwe taxa. [69] Omdat taxonomie tot doel heeft het leven te beschrijven en te organiseren , is het werk van taxonomen essentieel voor de studie van de biodiversiteit en het daaruit voortvloeiende gebied van instandhoudingsbiologie . [70] [71]
Organismen classificeren
Biologische classificatie is een cruciaal onderdeel van het taxonomische proces. Als resultaat informeert het de gebruiker over wat de familieleden van het taxon verondersteld worden te zijn. Biologische classificatie maakt gebruik van taxonomische rangen, waaronder onder andere (in volgorde van meest inclusief naar minst inclusief): Domein , Koninkrijk , Stam , Klasse , Orde , Familie , Geslacht , Soort en Stam . [72] [noot 1]
Taxonomische beschrijvingen

De "definitie" van een taxon wordt ingekapseld door zijn beschrijving of zijn diagnose of door beide gecombineerd. Er zijn geen vaste regels voor de definitie van taxa, maar de naamgeving en publicatie van nieuwe taxa wordt beheerst door sets van regels. [8] In de zoölogie wordt de nomenclatuur voor de meer algemeen gebruikte rangen ( superfamilie tot ondersoorten ) gereguleerd door de International Code of Zoological Nomenclature ( ICZN-code ). [73] Op het gebied van fycologie , mycologie en plantkunde wordt de naamgeving van taxa bepaald door de Internationale Code of Nomenclatuur voor algen, schimmels en planten ( ICN ). [74]
De eerste beschrijving van een taxon omvat vijf hoofdvereisten: [75]
- Het taxon moet een naam krijgen op basis van de 26 letters van het Latijnse alfabet (een binominaal voor nieuwe soorten, of een uninominaal voor andere rangen).
- De naam moet uniek zijn (dus geen homoniem ).
- De beschrijving moet gebaseerd zijn op ten minste één naamdragend type- exemplaar.
- Het moet verklaringen bevatten over geschikte attributen om het taxon te beschrijven (definiëren) of om het te onderscheiden van andere taxa (de diagnose, ICZN-code , artikel 13.1.1, ICN , artikel 38). Beide codes scheiden opzettelijk het definiëren van de inhoud van een taxon (zijn omschrijving ) van het definiëren van zijn naam.
- Deze eerste vier vereisten moeten worden gepubliceerd in een werk dat verkrijgbaar is in talrijke identieke exemplaren, als een permanent wetenschappelijk document.
Er is echter vaak veel meer informatie opgenomen, zoals het geografische bereik van het taxon, ecologische aantekeningen, chemie, gedrag, enz. Hoe onderzoekers tot hun taxa komen, varieert: afhankelijk van de beschikbare gegevens en bronnen variëren de methoden van eenvoudig kwantitatief of kwalitatief vergelijkingen van opvallende kenmerken, om computeranalyses van grote hoeveelheden DNA-sequentiegegevens uit te werken. [76]
Citaat van de auteur
Een "autoriteit" kan achter een wetenschappelijke naam worden geplaatst. [77] De autoriteit is de naam van de wetenschapper of wetenschappers die de naam als eerste geldig publiceerden. [77] In 1758 gaf Linnaeus bijvoorbeeld de Aziatische olifant de wetenschappelijke naam Elephas maximus , dus wordt de naam soms geschreven als " Elephas maximus Linnaeus, 1758". [78] De namen van auteurs worden vaak afgekort: de afkorting L., voor Linnaeus, wordt algemeen gebruikt. In de plantkunde is er in feite een gereguleerde lijst van standaardafkortingen (zie lijst van botanici op auteursafkorting ). [79] Het systeem voor het toewijzen van autoriteiten verschilt enigszins tussen plantkunde en zoölogie . [8] Het is echter standaard dat als het geslacht van een soort is gewijzigd sinds de oorspronkelijke beschrijving, de naam van de oorspronkelijke autoriteit tussen haakjes wordt geplaatst. [80]
Fenetica
In fenetica, ook bekend als taximetrie of numerieke taxonomie, worden organismen geclassificeerd op basis van algemene gelijkenis, ongeacht hun fylogenie of evolutionaire relaties. [12] Het resulteert in een maat voor de evolutionaire "afstand" tussen taxa. Fenetische methoden zijn relatief zeldzaam geworden in de moderne tijd, grotendeels vervangen door cladistische analyses, aangezien fenetische methoden geen onderscheid maken tussen gemeenschappelijke voorouderlijke (of plesiomorfe ) eigenschappen van nieuwe gemeenschappelijke (of apomorfe) eigenschappen. [81] Bepaalde fenetische methoden, zoals het samenvoegen van buren , hebben echter hun weg gevonden naar cladistiek, als een redelijke benadering van de fylogenie wanneer meer geavanceerde methoden (zoals Bayesiaanse inferentie ) te rekenkundig duur zijn. [82]
Databases
Moderne taxonomie maakt gebruik van databasetechnologieën om classificaties en hun documentatie te zoeken en te catalogiseren. [83] Hoewel er geen veelgebruikte database is, zijn er uitgebreide databases, zoals de Catalog of Life , die probeert alle gedocumenteerde soorten op te sommen. [84] De catalogus vermeldde 1,64 miljoen soorten voor alle koninkrijken vanaf april 2016, en claimde dekking van meer dan driekwart van de geschatte soorten die de moderne wetenschap kent. [85]
Zie ook
- Geautomatiseerde identificatie van soorten
- Bacteriële taxonomie
- Cladogram
- Cladistics
- Clusteranalyse
- Consortium voor de Barcode of Life
- Consortium van Europese taxonomische faciliteiten
- Dendrogram
- Genetypes
- Verklarende wetenschappelijke naamgeving
- Identificatie (biologie)
- Incertae sedis
- Open Tree of Life
- Parataxonomie
- Fenogram
- Set theorie
- Taxonomie (algemeen)
- Virus classificatie
Opmerkingen
- ^ Dit classificatiesysteem kan worden herinnerd door het geheugensteuntje "Do Kings Play Chess On Fine Glass Sets?"
Referenties
- ^ a b Wilkins, JS (5 februari 2011). "Wat is systematiek en wat is taxonomie?" . Gearchiveerd van het origineel op 27 augustus 2016 . Ontvangen 21 augustus 2016 .
- ^ Judd, WS; Campbell, CS; Kellogg, EA; Stevens, PF; Donoghue, MJ (2007). "Taxonomie". Plantensystematiek: een fylogenetische benadering (3e ed.). Sunderland: Sinauer Associates.
- ^ Simpson, Michael G. (2010). "Hoofdstuk 1 Plantensystematiek: een overzicht". Plantensystematiek (2e ed.). Academische pers. ISBN 978-0-12-374380-0.
- ^ Kirk, PM, Cannon, PF, Minter, DW, Stalpers, JA eds. (2008) "Taxonomie". In Dictionary of the Fungi , 10e editie. CABI, Nederland.
- ^ Walker, PMB, uitg. (1988). De Wordsworth Dictionary of Science and Technology . WR Chambers Ltd. en Cambridge University Press.
- ^ een b Lawrence, E. (2005). Henderson's Dictionary of Biology . Pearson / Prentice Hall. ISBN 978-0-13-127384-9.
- ^ Wheeler, Quentin D. (2004). "Taxonomische triage en de armoede van fylogenie". In HCJ Godfray & S. Knapp (red.). Taxonomie voor de eenentwintigste eeuw . Filosofische transacties van de Royal Society . 359 . blz. 571-583. doi : 10.1098 / rstb.2003.1452 . PMC 1693342 . PMID 15253345 .
- ^ a b c "Nomenclatuur, namen en taxonomie" . Intermountain Herbarium - USU . 2005. Gearchiveerd van het origineel op 23 november 2016.
- ^ Klein, Ernest (1989). ‘Systematiek van biologische systematiek (of taxonomie van taxonomie)’. Taxon . 38 (3): 335-356. doi : 10,2307 / 1222265 . JSTOR 1222265 .
- ^ Singh, Gurcharan (2004). Plantensystematiek: een geïntegreerde benadering . Science Publishers. p. 20. ISBN 978-1-57808-351-0 - via Google Books.
- ^ Maxted, Nigel (1992). "Op weg naar het definiëren van een taxonomische revisiemethodologie". Taxon . 41 (4): 653-660. doi : 10,2307 / 1222391 . JSTOR 1222391 .
- ^ a b c d e f g h "Taxonomie: betekenis, niveaus, perioden en rol" . Biologie Discussie . 27 mei 2016. Gearchiveerd van het origineel op 5 april 2017.[ onbetrouwbare bron? ]
- ^ Rosselló-Mora, Ramon; Amann, Rudolf (1 januari 2001). ‘Het soortconcept voor prokaryoten’ . FEMS Microbiology beoordelingen . 25 (1): 39-67. doi : 10.1111 / j.1574-6976.2001.tb00571.x . ISSN 1574-6976 . PMID 11152940 .
- ^ een b Turrill, WB (1938). "De uitbreiding van taxonomie met speciale aandacht voor spermatophyta". Biologische beoordelingen . 13 (4): 342-373. doi : 10.1111 / j.1469-185X.1938.tb00522.x . S2CID 84905335 .
- ^ Steyskal, GC (1965). Tendenskrommen van het tarief van soortbeschrijving in zoölogie. Wetenschap . 149 (3686): 880-882. Bibcode : 1965Sci ... 149..880S . doi : 10.1126 / science.149.3686.880 . PMID 17737388 . S2CID 36277653 .
- ^ Mayr, Ernst (9 februari 1968), "De rol van systematiek in de biologie: de studie van alle aspecten van de diversiteit van het leven is een van de belangrijkste aandachtspunten in de biologie", Science , 159 (3815): 595-599, Bibcode : 1968Sci ... 159..595M , doi : 10.1126 / science.159.3815.595 , PMID 4886900
- ^ Mayr, Ernst (1982). ‘Hoofdstuk 6: Microtaxonomie, de wetenschap van soorten’ . De groei van biologisch denken: diversiteit, evolutie en erfenis . Belknap Press van Harvard University Press. ISBN 978-0-674-36446-2.
- ^ "Resultaat van uw vraag" . www.biologische-concepts.com . Gearchiveerd van het origineel op 5 april 2017.
- ^ Datta 1988 .
- ^ Stace 1989 .
- ^ Stuessy 2009 .
- ^ a b c Manktelow, M. (2010) Geschiedenis van de taxonomie Gearchiveerd 29 mei 2015 bij de Wayback Machine . Lezing van de afdeling Systematische Biologie, Universiteit van Uppsala .
- ^ Mayr, E. (1982) De groei van biologisch denken . Belknap P. van Harvard UP, Cambridge (Mass.)
- ^ a b c d e f g "Palaeos: taxonomie" . palaeos.com . Gearchiveerd van het origineel op 31 maart 2017.
- ^ a b c d "taxonomie | biologie" . Encyclopedia Britannica . Gearchiveerd van het origineel op 5 april 2017.
- ^ a b c d "Biology 101, Ch 20" . www.cbs.dtu.dk . 23 maart 1998. Gearchiveerd van het origineel op 28 juni 2017.
- ^ Leroi, Armand Marie (2014). The Lagoon: How Aristoteles Invented Science . Bloomsbury. blz. 384-395. ISBN 978-1-4088-3622-4.
- ^ "Andrea Cesalpino | Italiaanse arts, filosoof en botanicus" . Encyclopedia Britannica . Gearchiveerd van het origineel op 5 april 2017.
- ^ Cesalpino, Andrea; Marescotti, Giorgio (1583). De plantis libri XVI . Florence: Apud Georgium Marescottum - via internetarchief.
- ^ "Andrea Cesalpino | Italiaanse arts, filosoof en botanicus" . Encyclopedia Britannica . Gearchiveerd van het origineel op 5 april 2017.
- ^ Jaime, Prohens (2010). International Edition Vegetables I: Asteraceae, Brassicaceae, Chenopodicaceae en Cucurbitaceae (Handbook of Plant Breeding) . ISBN 978-1-4419-2474-2.
- ^ John, Ray (1682). "Methodus plantarum nova" . impensis Henrici Faithorne & Joannis Kersey, ad insigne Rofæ Coemeterio D. Pauli. Gearchiveerd van het origineel op 29 september 2017. Cite journal vereist
|journal=
( hulp ) - ^ "Joseph Pitton de Tournefort | Franse botanicus en arts" . Encyclopedia Britannica . Gearchiveerd van het origineel op 5 april 2017.
- ^ Linnaeus, C. (1735) Systema naturae, sive regna tria naturae systematice proposita per klassen, ordines, geslachten en soorten . Haak, Leiden
- ^ Linnaeus, C. (1753) Species Plantarum . Stockholm, Zweden.
- ^ Linnaeus, C. (1758) Systema naturae, sive regna tria naturae systematice proposita per klassen, ordines, geslachten en soorten , 10e editie. Haak, Leiden
- ^ a b c "taxonomie - Het Linneaanse systeem | biologie" . Encyclopedia Britannica . Gearchiveerd van het origineel op 5 april 2017.
- ^ Donk, MA (december 1957). "Typificatie en latere uitgangspunten" (pdf) . Taxon . 6 (9): 245-256. doi : 10,2307 / 1217493 . JSTOR 1217493 . Gearchiveerd (pdf) van het origineel op 18 mei 2015.
- ^ Carl, Clerck; Carl, Bergquist; Eric, Borg; L., Gottman; Lars, Salvius (1757). "Svenska spindlar" . Literis Laur. Salvii. Gearchiveerd van het origineel op 1 december 2017. Cite journal vereist
|journal=
( hulp ) - ^ Secord, James A. (2000). Victorian Sensation: The Extraordinary Publication, Reception, and Secret Authorship of Vestiges of the Natural History of Creation . University of Chicago Press . ISBN 978-0-226-74410-0. Gearchiveerd van het origineel op 16 mei 2008.
- ^ a b c "taxonomie - Classificatie sinds Linnaeus | biologie" . Encyclopedia Britannica . Gearchiveerd van het origineel op 5 april 2017.
- ^ "Fossiel van de vroegste moderne vogel ter wereld zou ons kunnen helpen het uitsterven van dinosauriërs te begrijpen" . Gearchiveerd van het origineel op 5 april 2017.[ betere bron nodig ]
- ^ Huxley, TH (1876): Lezingen over evolutie. New York Tribune . Extra. Nee. 36. In Collected Essays IV: pp. 46–138 originele tekst met cijfers Gearchiveerd 28 juni 2011 op de Wayback Machine.
- ^ "Thomas Henry Huxley | Britse bioloog" . Encyclopedia Britannica . Gearchiveerd van het origineel op 6 februari 2018.
- ^ Rudwick, MJS (1985). De betekenis van fossielen: episodes in de geschiedenis van paleontologie . University of Chicago Press. p. 24. ISBN 978-0-226-73103-2.
- ^ Paterlini, Marta (september 2007). "Er zal orde zijn. De erfenis van Linnaeus in het tijdperk van de moleculaire biologie" . EMBO-rapporten . 8 (9): 814-816. doi : 10.1038 / sj.embor.7401061 . PMC 1973966 . PMID 17767191 .
- ^ a b c Taylor, Mike. "Wat betekenen termen als monofyletisch, parafyletisch en polyfyletisch?" . www.miketaylor.org.uk . Gearchiveerd van het origineel op 1 augustus 2010.
- ^ een b "Polyfyletisch versus monofyletisch" . ncse.com . Gearchiveerd van het origineel op 5 april 2017.
- ^ Brower, Andrew VZ en Randall T. Schuh. 2021. Biologische systematiek: principes en toepassingen (3e edn.) Cornell University Press, Ithaca, NY.
- ^ Schuh, Randall T. "Het Linnaean-systeem en zijn 250-jarige persistentie." The Botanical Review 69, nee. 1 (2003): 59.
- ^ Queiroz, Philip D. Cantino, Kevin de. "The PhyloCode" . www.ohio.edu . Gearchiveerd van het origineel op 10 mei 2016.
- ^ een b "PhyloCode: concept, geschiedenis en voordelen | taxonomie" . Biologie Discussie . 12 juli 2016. Gearchiveerd van het origineel op 5 april 2017.[ onbetrouwbare bron? ]
- ^ a b c "Koninkrijksclassificatie van levend organisme" . Biologie Discussie . 2 december 2014. Gearchiveerd van het origineel op 5 april 2017.[ onbetrouwbare bron? ]
- ^ "Carl Woese | Carl R. Woese Instituut voor Genomische Biologie" . www.igb.Illinois.edu . Gearchiveerd van het origineel op 28 april 2017.
- ^ Cracraft, Joel en Donaghue, Michael J. (red.) (2004). De boom des levens samenstellen . Oxford, Engeland: Oxford University Press. ISBN 0-19-517234-5 . blz. 45, 78, 555
- ^ een b Cavalier-Smith, T. (1998). "Een herzien levenssysteem met zes koninkrijken" . Biologische beoordelingen . 73 (03): 203-66. doi : 10.1111 / j.1469-185X.1998.tb00030.x . PMID 9809012 .
- ^ Luketa, S. (2012). "Nieuwe opvattingen over de megaclassificatie van het leven" (pdf) . Protistologie . 7 (4): 218-237. Gearchiveerd (pdf) van het origineel op 2 april 2015.
- ^ Linnaeus, C. (1735). Systemae Naturae, sive regna tria naturae, systematiek proposita per klassen, ordines, geslachten en soorten .
- ^ Haeckel, E. (1866). Generelle Morphologie der Organismen . Reimer, Berlijn.
- ^ Chatton, É. (1925). " Pansporella perplexa . Reflexions op de biologie en de phylogénie des protozoaires". Annales des Sciences Naturelles - Zoologie en Biologie Animale . 10-VII: 1-84.
- ^ Copeland, H. (1938). "De koninkrijken van organismen". Kwartaaloverzicht van biologie . 13 : 383-420. doi : 10,1086 / 394568 .
- ^ Whittaker, RH (januari 1969). ‘Nieuwe concepten van koninkrijken van organismen’. Wetenschap . 163 (3863): 150-60. Bibcode : 1969Sci ... 163..150W . doi : 10.1126 / science.163.3863.150 . PMID 5762760 .
- ^ Woese, C .; Kandler, O .; Wheelis, M. (1990). "Op weg naar een natuurlijk systeem van organismen: voorstel voor de domeinen Archaea, Bacteria en Eucarya" . Proceedings of the National Academy of Sciences van de Verenigde Staten van Amerika . 87 (12): 4576-9. Bibcode : 1990PNAS ... 87.4576W . doi : 10.1073 / pnas.87.12.4576 . PMC 54159 . PMID 2112744 .
- ^ Ruggiero, Michael A .; Gordon, Dennis P .; Orrell, Thomas M .; Bailly, Nicolas; Bourgoin, Thierry; Brusca, Richard C .; Cavalier-Smith, Thomas; Guiry, Michael D .; Kirk, Paul M .; Thuesen, Erik V. (2015). "Een hogere classificatie van alle levende organismen" . PLOS EEN . 10 (4): e0119248. Bibcode : 2015PLoSO..1019248R . doi : 10.1371 / journal.pone.0119248 . PMC 4418965 . PMID 25923521 .
- ^ Adl, SM; Simpson, AGB; Lane, CE; Lukeš, J .; Bass, D .; Bowser, SS; et al. (December 2015). ‘De herziene classificatie van eukaryoten’ . Journal of Eukaryotic Microbiology . 59 (5): 429-493. doi : 10.1111 / j.1550-7408.2012.00644.x . PMC 3483872 . PMID 23020233 .
- ^ Adl, SM; Bass, D .; Lane, CE; Lukeš, J .; Schoch, CL; Smirnov, A .; et al. (2019). ‘Herzieningen van de classificatie, nomenclatuur en diversiteit van eukaryoten’ . Journal of Eukaryotic Microbiology . 66 (1): 4-119. doi : 10.1111 / jeu.12691 . PMC 6492006 . PMID 30257078 .
- ^ een b Ruggiero, MA; Gordon, DP; Orrell, TM; Bailly, N .; Bourgoin, T .; Brusca, RC; et al. (2015). "Een hogere classificatie van alle levende organismen" . PLOS EEN . 10 (4): e0119248. Bibcode : 2015PLoSO..1019248R . doi : 10.1371 / journal.pone.0119248 . PMC 4418965 . PMID 25923521 .
- ^ Ruggiero, Michael A. (2014). Families of All Living Organisms, versie 2.0.a.15, (4/26/14). Expert Solutions International, LLC, Reston, VA. 420pp.Inbegrependata beschikbaar om te downloaden via https://www.gbif.org/dataset/8067e0a2-a26d-4831-8a1e-21b9118a299c (doi: 10.15468 / tfp6yv)
- ^ ‘Een paar slechte wetenschappers dreigen de taxonomie omver te werpen’ . Smithsonian . Ontvangen 24 februari 2019 .
- ^ "Wat is taxonomie?" . Londen: Natural History Museum. Gearchiveerd van het origineel op 1 oktober 2013 . Ontvangen 23 december 2017 .
- ^ McNeely, Jeffrey A. (2002). "De rol van taxonomie bij het behoud van biodiversiteit" (pdf) . J. Nat. Conserv . 10 (3): 145-153. doi : 10.1078 / 1617-1381-00015 . S2CID 16953722 . Gearchiveerd van het origineel (pdf) op 24 december 2017 - via Semantic Scholar.
- ^ "Mnemonic taxonomy / biology: Kingdom Phylum Class Order ..." Gearchiveerd van het origineel op 6 juni 2017.
- ^ "ICZN-code" . www.animalbase.uni-goettingen.de .
- ^ ‘Internationale code van nomenclatuur voor algen, schimmels en planten’ . Internationale vereniging voor plantentaxonomie . Gearchiveerd van het origineel op 11 januari 2013.
- ^ "Hoe kan ik nieuwe soorten beschrijven?" . Internationale Commissie voor zoölogische nomenclatuur . Gearchiveerd van het origineel op 6 maart 2012 . Ontvangen 21 mei 2020 .
- ^ "Taxonomie - taxonomische karakters evalueren" . Encyclopædia Britannica . Gearchiveerd van het origineel op 22 april 2019.
- ^ een b "Bewerken Tip: Wetenschappelijke namen van soorten | AJE | American Journal Experts" . www.aje.com . Gearchiveerd van het origineel op 9 april 2017.
- ^ "Carolus Linnaeus: classificatie, taxonomie en bijdragen aan de biologie - video- en lestranscript | Study.com" . Study.com . Gearchiveerd van het origineel op 9 april 2017.
- ^ Biocyclopedia.com. "Biologische classificatie" . www.biocyclopedia.com . Gearchiveerd van het origineel op 14 mei 2017.
- ^ "Zoölogische nomenclatuur: een basisgids voor niet-taxonome auteurs" . Annelida.net . Gearchiveerd van het origineel op 16 maart 2017.
- ^ "Classificatie" . Staatsuniversiteit van North Carolina . Gearchiveerd van het origineel op 14 april 2017 . Ontvangen 27 april 2017 .
- ^ McDonald, David (najaar 2008). "Verklarende woordenlijst moleculaire markers" . Universiteit van Wyoming . Gearchiveerd van het origineel op 10 juni 2007.
- ^ Hout, Dylan; Koning, Margaret; Landis, Drew; Courtney, William; Wang, Runtang; Kelly, Ross; Turner, Jessica A .; Calhoun, Vince D. (26 augustus 2014). "Moderne webapplicatietechnologie benutten om intuïtieve en efficiënte tools voor datavisualisatie en -deling te creëren" . Grenzen in neuro-informatica . 8 : 71. doi : 10.3389 / fninf.2014.00071 . ISSN 1662-5196 . PMC 4144441 . PMID 25206330 .
- ^ "Over - de plantenlijst" . www.theplantlist.org .
- ^ "Over de Catalog of Life: jaarlijkse checklist 2016" . Catalog of Life . Geïntegreerd taxonomisch informatiesysteem (ITIS). Gearchiveerd van het origineel op 15 mei 2016 . Ontvangen 22 mei 2016 .
Bibliografie
- Stace, Clive A. (1989) [1980]. Plantentaxonomie en biosystematiek (2e ed.). Cambridge: Cambridge University Press . ISBN 978-0-521-42785-2. Ontvangen 19 april 2015 .
- Datta, Subhash Chandra (1988). Systematische Botany (4 ed.). New Delhi: New Age International. ISBN 978-81-224-0013-7. Ontvangen 25 januari 2015 .
- Stuessy, Tod F. (2009). Plantentaxonomie: de systematische evaluatie van vergelijkende gegevens . Columbia University Press. ISBN 978-0-231-14712-5. Ontvangen 6 februari 2014 .
Externe links
- Wat is taxonomie? in het Natural History Museum London
- Taxonomie bij NCBI, het National Center for Biotechnology Information
- Taxonomie bij UniProt, de universele eiwitbron
- ITIS het Integrated Taxonomic Information System
- CETaF, het consortium van Europese taxonomische faciliteiten
- Wikispecies gratis soorten directory
- Biologische classificatie.